Sesuai dengan namanya Puskesmas atau Pusat Kesehatan Masyarakat merupakan unit pelaksana teknis dinas kesehatan yang bertanggung jawab menyelenggarakan pembangunan kesehatan di wilayah kerja baik di kabupaten ataupun kota. Puskesmas tentu harus selalu bersih dan steril. Standart Operating Procedure (SOP) dalam mengelola kebersihan puskesmas tentunya berbeda dari Standart Operating Procedure (SOP) di tempat lainnya.

Jenis sampah Puskesmas berbeda dari jenis sampah dari tempat lainnya. Oleh sebab itu, Standart Operating Procedure (SOP) pembuangan sampah jasa kebersihan pada Puskesmas juga berbeda. Di puskesmas,  sampah terklasifikasi menjadi sampah medis dan sampah non medis. Sampah medis terdiri dari sampah medis kering seperti tempat infus, kapas, kasa kering, jarum suntuk, lancet dan dak glas. Sementara untuk sampah medis non kering terdiri dari samah medis yang mengandung air seperti kapas basah dan kain basah. Sampah non medis terdiri dari sisa-sisa makanan, sampah kantor, dan kertas bekas.

Dalam menangani sampah-sampah ini, petugas jasa kebersihan harus memasukan sampah medis kering dalam kantong plastik hitam (kecuali botol bekas obat dan infus set). Sampah medis harus dipilah terlebih dahulu, antara sampah medis kering dan sampah medis basah. Setelah itu, petugas jasa cleaning service rumah akan mengangkut sampah dengan trolly khusus ke insenerator. Sampah kemudian di bakar kecuali untuk infus set. Khusus untuk sampah botol bekas, akan dikumpulkan dalam wadah khusus. Sama seperti sampah medis, sampah non medis juga akan dikumpulkan di taruh dalam kantong plastik hitam. Setelahnya, petugas kebersihan akan membuangnya ke Tempat Pembuangan Akhir (TPA).